在形成早期，淘宝村还处于卖方市场，行业竞争相对较小。但一个地方的淘宝村一旦成型，整个淘宝市场的竞争就会比较激烈，如果没有正视发展过程中的问题，就可能会在未来的发展中处于不利地位。
（一）人才难题
淘宝村是农民的电商创业，在最初开个店挣点小钱都没有问题，但随着事业做得越来越大，网店变成网商的时候，人才难题就逐渐开始显现。大多数淘宝村在谈及目前的问题时，都提出人才是重要因素，即缺乏专业的推广运营，缺乏专业的美工，后台管理不到位，企业管理人才缺乏等。
可见，淘宝村未来的发展需要依靠人才进一步提升，一些淘宝村也设法通过引进外来人才来改变这一难题，但效果并不理想。不只是农村缺乏电商人才，整个电商行业的人才常年缺口在150万人。淘宝村想靠引进人才，基本没有出路，最直接的办法就是自己培养，找一些可以学习培训的平台，通过不断培训来提升自己。
（二）同质竞争
淘宝村的电商发展模式是由带头人示范发展起来的，如江苏省北部的东风村就是孙寒模仿北欧风格生产的家具在网上销售大量获利后，村里其他人才陆续做起了网销家具的生意，这在客观上就形成了同质化严重的现实。
虽然会有网上最低售价的限制，但由于市场竞争激励，基本没起什么作用。在淘宝村的创业初期，集群同质化对企业的发展是有正面影响的，可以共享市场、客户、资源，在网上形成搜索排名优势，降低物流运输成本、营销成本，催生电商服务业的诞生。但随着产业的不断发展，同质化带来的问题会逐渐凸显出来，淘宝村的发展受制于人才、资金、技术，缺乏品牌意识，创新不足，大部分企业的注意力会放在争夺市场份额上，无暇顾及研发新产品。
如果不能通过品牌、品质寻求溢价空间，则很容易陷入低价营销套路下的同行恶性竞争，尤其是淘宝卖家的日益增多、竞争趋于激烈，如果没有天猫平台的实力，只能在淘宝平台低水平竞争，最终的结果只能被市场抛弃。要想解决这一问题，就要使个别网店先成长为品牌企业，其他网店成为品牌代理店或者产品供应者，实现电商生态的重组与优化。
（三）生态链问题
淘宝村基于低廉创业成本的特性，非常适宜个体创业。但产业发展起来后，各项问题也开始显现，如仓储、物流、生产、加工、包装等配套产业，在农村很难找到地方建设，最终淘宝村的生产要素只能向县城转移并集聚，形成一个突破村域限制的电商产业园区。电商的不断发展会吸引大量机构和企业参与到电商产业中，如金融机构、美工、数据分析、市场营销、软件公司、物流快递企业等各个运营环节呈现出专业化趋势，成为一个庞大的电商服务体系。电商运营者不再需要从头学起，可以直接使用这些电商服务。但当淘宝村的网店经营已经大量聚集、需要这些成款电商服务商支撑时，却没有形成这一条件。淘宝村的网商们因为人才缺失、经营压力大等问题，感到生意越来越难做，这其实就是电商服务商不发达的原因造成的。因此，现在淘宝村最需要的是电商生态的打造，为淘宝村的转型升级提供系统的电商服务解决方案。
